In Khavaran-begraafplaats in het zuiden van Teheran, zijn er massagraven waarvan wordt aangenomen dat ze veel van die politieke gevangenen bevatten, die geëxecuteerd zijn tijdens het bloedbad van 1988.
Vanaf het begin van het bloedbad in de jaren 1988 en 1989 voerden Khomeini en zijn ondergeschikten een systematisch plan uit om de lichamen van de martelaren in geheime massagraven te begraven. Hun doel was om te voorkomen dat families en het publiek de begraafplaatsen zouden gebruiken als verzamelplaats voor protesten.
In februari 1989 droeg de commandant van de Komitehs in de provincie Teheran in één memo alle Komitehs in de provincie Teheran op om door te gaan met “nauwkeurige controle over de graven van de doden en hun families”. Het document is een voorbeeld van meerdere documenten die in die tijd zijn uitgegeven met instructies aan veiligheidstroepen over de fatwa van Khomeini.
De publieke en internationale verontwaardiging tegen de groepsexecuties nam desalniettemin toe, en een jaar na het bloedbad, in de herfst van 1989, vertelde de aanklager van Teheran enkele families van de slachtoffers dat ze de geboorteakte van hun kind aan de aanklager konden overleggen en de locatie konden ontvangen van het graf. De maatregel was een lijst bedoeld om eventuele protesten onschadelijk te maken. Sommige families die zogenaamd de locatie van het graf van hun kind hadden gekregen, voerden een opgraving uit, maar er was geen spoor van lichamen. In andere gevallen informeerden gevangenisfunctionarissen families dat hun geliefden waren geëxecuteerd in de eerste paar maanden nadat de moorden waren begonnen, maar gaven ze geen informatie over begraafplaatsen.
